É possível para o mestre (5.1) ter innodb_file_per_table = 0 e para o escravo (5.1 ou 5.5) ter innodb_file_per_table = 1?
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Sim, você pode usar
innodb_file_per_table = 1
para seus escravos.Além disso, leve em consideração os pontos abaixo
Se você tiver a mesma versão no MySQL tanto no Master quanto no Slave. Você pode fazer backup e configurar a replicação diretamente do mestre para o escravo adicionando
innodb_file_per_table = 1
o escravo emmy.cnf
Por favor, dê uma olhada em Como configurar a replicação Master Slave
Se você tiver uma versão diferente do MySQL, certifique-se de fazer o backup corretamente, pois uma versão diferente pode ter incompatibilidades nas tabelas do sistema (banco de dados MySQL).
Por favor, dê uma olhada
@RolandoMySQLDBA
em Como fazer backup corretamente