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Rea Kalampaliki
Asked: 2025-04-24 03:19:35 +0800 CST

Nextflow: script Python no módulo personalizado não encontrado durante a execução do processo

  • 772

Estou trabalhando em um pipeline do Nextflow que usa um módulo personalizado. Este módulo inclui um script Python ( script_1.py) localizado em uma pasta aninhada <module-dir>/resources/usr/bin. O script_1.pyfoi tornado executável e o nextflow.enable.moduleBinariesfoi definido como trueno ./nextflow.configarquivo. No entanto, quando tento executar o pipeline, recebo um erro informando que o script Python não pode ser encontrado.

Estrutura de diretório do módulo

modules/
└── local/
    └── mymodule/
        ├── environment.yml
        ├── main.nf
        ├── resources/
        │   └── usr/
        │       └── bin/
        │           └── script_1.py
        └── work/

Mensagem de erro

Aqui está o erro que recebo ao executar o pipeline:

Caused by:
  Process `MyProcess (1)` terminated with an error exit status (2)

Command executed:

  python script_1.py

  cat <<-END_VERSIONS > versions.yml
      "MyProcess":
          python: $(python --version 2>&1 | sed 's/Python //g')
  END_VERSIONS

Command exit status:
  2

Command output:
  (empty)

Command error:
  python: can't open file 'script_1.py': [Errno 2] No such file or directory

O que eu tentei

No meu main.nf, eu tinha o seguinte:

#!/usr/bin/env nextflow

include { MyProcess } from './modules/local/mymodule/main.nf'

E no meu ./modules/local/mymodule/main.nf, eu tinha o seguinte:

#!/usr/bin/env nextflow

process MyProcess{
    conda "${moduleDir}/environment.yml"

    input:
    path(input_folder)
    
    output:
    path("data.csv")
    path "versions.yml"                , emit: versions

    script:
    """
    python script_1.py ${input_folder}

cat <<-END_VERSIONS > versions.yml
    "${task.process}":
        python: \$(python --version 2>&1 | sed 's/Python //g')
    END_VERSIONS
    """ 
    
}

Mas script_1.pynunca é encontrado e o processo falha.

Minha pergunta

Esta é a maneira correta de referenciar esses scripts no módulo em pipelines do Nextflow?

module

1 respostas

  1. Best Answer

    Suspeito que isso ocorra porque você não está tratando o script Python como um binário, como a linguagem sugere na documentação .

    Use python script_1.py, que instrui o processo a usar Python para procurar um script localmente, em vez de invocá-lo como um binário. Em vez disso, você deve tratar o script como um binário usando script_1.py, mas garantindo que o shebang no script esteja apontando para o interpretador correto.

    Normalmente, leio scripts como canais de valor, pois é mais fácil e você não precisa usar contêineres de onda no GCP/AWS. Portanto, esta resposta é apenas a minha interpretação da documentação. Espero que funcione.

    • 1

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