Como centralizo rótulos verticais em um gráfico de barras marítimo?

Seu texto está centralizado corretamente, porém você só usa letras que estão acima da linha de base, o que faz com que pareça que ele não está centralizado.

Veja aqui uma descrição dos modos de alinhamento do matplotlib:

Então o que você está procurando é va='center_baseline', e isso funciona bem em texto/barras horizontais sem rotação:

plt.text(percentages[1]/2, 1, 'Additive x Additive', ha='center',
         va='center_baseline', weight='bold')

Infelizmente, isso não é suportado emha , mesmo com rotation=90.

Uma opção seria adicionar manualmente um pequeno deslocamento, que dependerá das dimensões da figura:

plt.text(1, 1, 'Add', ha='center', rotation=90, weight='bold')
plt.text(1, 4, 'bdpdjy', ha='center', rotation=90, weight='bold', color='red')

offset = 0.07
plt.text(2+offset, 1, 'Add', ha='center', rotation=90, weight='bold')
plt.text(2+offset, 4, 'bdpdjy', ha='center', rotation=90, weight='bold', color='blue')

Exemplo:

Observe como o vermelho bdpdjyestá corretamente centralizado, mas não o azul com deslocamento manual.

import matplotlib.pyplot as plt
import seaborn as sns

percentages = [8.46950845e+00, 1.58712232e+01, 2.13963086e+01, 2.33865318e+01, 2.04539820e+01, 1.41358888e+01, 7.79622697e+00, 3.49245775e+00, 1.28729140e+00, 3.91327891e-01, 9.80073446e-02, 2.02461563e-02, 3.46222120e-03, 4.92413036e-04, 5.82500571e-05, 5.70562340e-06, 4.59952409e-07, 3.05322729e-08, 1.57123083e-09, 4.80936609e-11]

plt.figure(figsize=(9, 5), dpi=100)
ax = sns.barplot(
    x=range(1, len(percentages) + 1),
    y=percentages,
    legend=False,
    hue=range(1, len(percentages) + 1),
    palette="GnBu_d"
)


x_coords = [p.get_x() + p.get_width()/2 for p in ax.patches[:len(percentages)]]


plt.text(x_coords[0], percentages[0]/2, "Additive", ha="center", va="center", rotation=90, fontsize=10, weight="bold")
plt.text(x_coords[1], percentages[1]/2, "Additive x Additive", ha="center", va="center", rotation=90, weight="bold")

plt.show()

As barras nos gráficos de barras do mar são centralizadas nas posições inteiras 1, 2, 3, não em 0, 1, 2. O que podemos fazer é encontrar as posições centrais reais das barras usando p.get_x() + p.get_width()/2cada pedaço no gráfico e, então, usar essas coordenadas para o posicionamento do texto.