Como criar um arquivo Docker que itera sobre arquivos em uma pasta e executa um comando específico (mri_synthstrip)

Há este programa mri_synthstrip que insere um arquivo de ressonância magnética cerebral e produz o mesmo arquivo de ressonância magnética cerebral excluindo o crânio. Este é um passo inicial básico para pré-processar ressonâncias magnéticas cerebrais para pesquisa.

O programa é maravilhoso e a sintaxe para remover a pele do crânio de uma única ressonância magnética é simples se você instalar o programa no seu computador:

mri_synthstrip -i input.nii.gz -o stripped.nii.gz

Os autores são muito simpáticos e até criaram uma imagem Docker que você pode extrair do Dockerhub com docker pull freesurfer/synthstrip

nesse caso a sintaxe para retirar o crânio de uma ressonância magnética do cérebro é

docker run -v C:/Users/ch134560/Desktop/MRI_files://data freesurfer/synthstrip -i //data/input.nii.gz -o //data/stripped.nii.gz

O que estou tentando fazer é criar uma imagem Docker que rode todos os arquivos MRI em um diretório e faça skull strips com synthstrip. Achei que isso seria fácil.

Meu Dockerfile multiestágio se parece com isso, mas não funciona porque não reconhece o comando no loop

freesurfer/synthstrip -i "$file" -o "$file"

ou

mri_synthstrip -i "$file" -o "$file"

Acho que não sei como chamar um comando específico dentro de um loop Unix.

#########STAGE 1: CREATE THE MOUNT AND COPY THE MRIs TO BE SKULL-STRIPPED#########

# Use ubuntu as base image
FROM ubuntu AS prepare

# Set working directory
WORKDIR /app

# Copy all MRIs
COPY . .

#########STAGE 2: USE SYNTHSTRIP#########
FROM freesurfer/synthstrip

# Set working directory
WORKDIR /app

# Copy all MRIs
COPY --from=prepare . .

# Create a loop that runs through the MRIs
RUN for file in .; do freesurfer/synthstrip -i "$file" -o "$file"; done

ENTRYPOINT ["ls"]

Outra opção que pensei é criar uma compilação de vários estágios na qual primeiro importo o programa synthstrip e depois faço um loop pelos arquivos MRI e chamo o synthstrip, mas, novamente, não sei exatamente como chamar o comando para executar o synthstrip a partir do python.

Arquivo Docker

#########STAGE 1: CREATE THE SYNTHSTRIP CONTAINER###########

# Use synthstrip AS base image
FROM freesurfer/synthstrip as builder

# Set working directory
WORKDIR /app

#########STAGE 2: CREATE THE ANACONDA CONTAINER###########

# Use miniconda as base image
FROM continuumio/miniconda3

# Set working directory
WORKDIR /app

# Copy the initial image
COPY --from=builder . .

# Create the environment
COPY environment.yml .
RUN conda env create -f environment.yml

# Make run commands use the new environment
SHELL ["conda", "run", "-n", "app", "bin/bash", "-c"]

# Code to run when the container is started
COPY main.py .
ENTRYPOINT ["conda", "run", "--no-capture-output", "-n", "app", "python", "main.py"]

arquivo main.py

import os
import subprocess

for MRI in os.listdir('./file_with_MRIs'):
    print(MRI)
    proc = subprocess.Popen(['docker run freesurfer/synthstrip -i ', MRI, ' -o', MRI],
                            stdin = subprocess.PIPE,
                            stdout = subprocess.PIPE,
                            stderr = subprocess.PIPE
                        )

    (out, err) = proc.communicate()
    print   (out)

Outra opção é criar uma imagem Docker menor que percorra os arquivos MRI e apenas chame a imagem Docker do synthstrip para cada um deles e colete a saída, mas não tenho certeza de como fazer isso.