Tanto o Android quanto o iOS permitem que os desenvolvedores publiquem seus aplicativos em países selecionados, se não globalmente.
Até onde eu sei, nem o Android nem o iOS permitem que aplicativos sejam publicados apenas para estados ou cidades específicos.
Por exemplo, muitos aplicativos de namoro, quando são lançados, o fazem apenas em cidades específicas, como Nova York.
Como eles conseguem configurar isso?
Sim, você está certo, a Play Store ou App Store não permite que você publique aplicativos para apenas algumas cidades específicas. Mas você pode lidar com isso do seu lado, buscando a localização atual do usuário. Você obterá facilmente a latitude e a longitude do usuário, usando as quais você pode facilmente obter o estado ou a cidade do usuário, então prossiga com sua lógica somente se o usuário estiver na localização desejada.