Você pode resolver a coloração condicional usando esta ótima resposta e as bordas esquerda e direita usando ?add_header_above-> há argumentos para border_left e border_right.

border_left Opção T/F para borda no lado esquerdo em látex.

border_right Opção T/F para borda no lado direito em látex.

Observe que os códigos de cores de fundo não são os mesmos do R!. Então greenpode funcionar, mas green4não! Não me cite sobre isso, mas acho que essas cores estão boas. Você pode definir suas próprias cores em um cabeçalho LaTeX yaml \definecolor{orange}{HTML}{ff7f00}ou \usepackage[dvipsnames]{xcolor}para mais nomes de cores, conforme descrito aqui . Como adicionar cabeçalho rmarkdown latex

Uma sequência de caracteres para cor de fundo. Aqui, preste atenção às diferenças em códigos de cores entre HTML e LaTeX. Observe também que em HTML, o fundo definido em cell_spec não cobrirá a célula inteira.

dando

Código

---
title: "Untitled"
output:
  pdf_document:
    latex_engine: xelatex
---

```{r table, echo=F, warning=F}
library(tibble)
library(kableExtra)
library(tidyverse)

set.seed(123)  # For reproducibility
YEARS = c(1990, 2000, 2010, 2020)
# Generate columns
Year <- rep(YEARS, each = 48)
Category <- rep(sapply(1:16, function(x) paste0(sample(letters, 10, replace = TRUE), collapse = "")), each = 3)
Category <- rep(Category, times = 4)
Favor <- rep(c("Good", "Mediocre", "Bad"), each = 1,times =64)
Percentage <- sample(50:99, 192, replace = TRUE)

# Create tibble
df <- tibble(Year, Category, Favor, Percentage)

df = df%>%
  arrange(
    Category,
    factor(Favor, levels = c("Bad", "Mediocre", "Good")),
    Year
  ) %>%
  pivot_wider(
    names_from = c(Favor, Year),
    values_from = Percentage,
    names_sep = "-"
  )


header_values = c("Category", rep(c(
  paste(YEARS[1]), paste(YEARS[2]), paste(YEARS[3]), paste(YEARS[4])
), 3))
colnames(df)=header_values

for (col in 2:ncol(df)) { # iterate cell_spec over columns 2 until end
  df[[col]] <- cell_spec(
    df[[col]], 
    background = case_when(
      df[[col]] < 30 ~ "red",
      df[[col]] >= 30 & df[[col]] <= 75 ~ "blue",
      .default = "teal" # use teal
    ),
    color = "white"  # White text 
  )
}

kbl(df, escape = FALSE, align = "lcccccccccccccc") %>%
  add_header_above(header = c(" " = 1,"Good" = 4,"Mediocre" = 4,"Bad" = 4),border_left = T,border_right = T) %>%
  kable_styling(bootstrap_options = c("bordered"))%>%
  column_spec(1, border_left = TRUE, width = "2cm") %>%
  column_spec(ncol(df), border_right = TRUE)
```

ADICIONAR

Se eu aumentar a coluna esquerda para 6 cm, o limite externo não desaparece, mas a tabela é cortada