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Início / coding / Perguntas / 79426990
Accepted
Luigi
Luigi
Asked: 2025-02-10 19:54:16 +0800 CST2025-02-10 19:54:16 +0800 CST 2025-02-10 19:54:16 +0800 CST

Como encontrar o processo raiz de uma função de plotagem personalizada dentro de um pacote [duplicado]

  • 772
Esta pergunta já tem respostas aqui :
Como posso visualizar o código-fonte de uma função? (14 respostas)
Fechado há 4 horas .

No meu entendimento, algumas classes de objetos personalizados têm uma plotfunção personalizada, que permite usar plot(object_name)e obter o gráfico que você (provavelmente) está interessado.

Por exemplo, posso obter da página de ajuda pmcalibration::pmcalibrationum código como o abaixo

library(pmcalibration)
library(survival)
  
data('transplant', package="survival")
transplant <- na.omit(transplant)
transplant = subset(transplant, futime > 0)
transplant$ltx <- as.numeric(transplant$event == "ltx")
  
cph <- coxph(Surv(futime, ltx) ~ age + sex + abo + year, data = transplant)
  
time <- 100
newd <- transplant; newd$futime <- time; newd$ltx <- 1
p <- 1 - exp(-predict(cph, type = "expected", newdata=newd))
y <- with(transplant, Surv(futime, ltx))
  
cal <- pmcalibration(y = y, p = p, smooth = "rcs", nk=5, ci = "pw", time = time)

class(cal)
  [1] "pmcalibration"

plot(cal)

Conforme mostrado, caltem a classe "pmcalibration", e é suficiente fornecê-la como argumento para a plotfunção para obter o gráfico de calibração que você certamente está interessado em obter após usar a pmcalibrationfunção

Minha pergunta é: como posso recuperar o que a plotfunção fez aqui? Como posso obter quais valores e variáveis ​​dentro calforam usados ​​para criar o gráfico? O que está acontecendo por baixo?

Para este exemplo específico, posso ver que uma dica pode ser dada pela existência da seção cal$plot; no entanto, ainda não consigo entender quais variáveis ​​foram usadas e quais funções foram aplicadas aos valores armazenados ali para finalmente poder criar o gráfico.

  • 1 1 respostas
  • 25 Views

1 respostas

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  1. Best Answer
    jay.sf
    2025-02-10T20:02:29+08:002025-02-10T20:02:29+08:00

    Você pode usar sloop::s3_dispatchpara ver qual método é usado,

    > sloop::s3_dispatch(plot(cal))
    => plot.pmcalibration
     * plot.default
    

    e com uma boa estimativa do pacote, inspecione o código-fonte (provavelmente não exportado).

    > pmcalibration:::plot.pmcalibration
    function (x, conf_level = 0.95, ...) 
    {
        dots <- list(...)
        pdat <- get_cc(x, conf_level = conf_level)
        if ("xlim" %in% names(dots)) 
            xlim <- dots[["xlim"]]
        else xlim <- c(0, 1)
        if ("ylim" %in% names(dots)) 
            ylim <- dots[["ylim"]]
        else ylim <- c(0, 1)
        if ("xlab" %in% names(dots)) 
            xlab <- dots[["xlab"]]
        else xlab <- "Predicted Probability"
        if ("ylab" %in% names(dots)) 
            ylab <- dots[["ylab"]]
        else ylab <- "Estimated Probability"
        plot(x = pdat$p, y = pdat$p_c, type = "l", xlim = xlim, ylim = ylim, 
            xlab = xlab, ylab = ylab)
        abline(0, 1, lty = 2, col = "grey")
        if ("lower" %in% colnames(pdat)) {
            lines(x = pdat$p, y = pdat$lower, lty = 2)
            lines(x = pdat$p, y = pdat$upper, lty = 2)
        }
    }
    <bytecode: 0x5559b1f0d810>
    <environment: namespace:pmcalibration>
    > 
    
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