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Asked: 2025-01-10 06:13:05 +0800 CST

lapply retorna o mesmo valor para cada elemento do quadro de dados

  • 772

Criei uma função que divide uma string por ":" e pega o primeiro elemento, que é a informação que preciso de um vcf:

remove_semicolon = function(x){
    newstr = strsplit(x,":")[[1]][1]
    return(newstr)
}

Desejo aplicá-lo a cada elemento de um quadro de dados, como o seguinte:

>rubbish
              NS05                   NS113                   NS137
1              0/0:1                  0/0:15                  0/0:25
2              0/0:1                  0/0:15                  0/0:25
3              0/0:1                  0/0:16                  0/0:25
4 1/1:0,1:1:3:39,3,0 1/1:0,16:16:48:621,48,0 1/1:0,26:26:78:969,78,0
5              0/0:1                  0/0:16                  0/0:29

De modo que para rubbish[1,1] a saída desejada é "0/0", para rubbish[4,1] "1/1" etc, com a estrutura da matriz/quadro de dados deixada intacta. No entanto,

 rubbish[]=lapply(rubbish,remove_semicolon)

retorna:

> rubbish
NS05 NS113 NS137
1  0/0   0/0   0/0
2  0/0   0/0   0/0
3  0/0   0/0   0/0
4  0/0   0/0   0/0
5  0/0   0/0   0/0

ainda que, em contraste,

sapply(rubbish[,1],remove_semicolon)

retorna o que eu quero, ou seja, um vetor 0/0, 0/0, 0/0, 1/1, 0/0 em vez de todos 0/0:

         0/0:1              0/0:1              0/0:1 1/1:0,1:1:3:39,3,0 
         "0/0"              "0/0"              "0/0"              "1/1" 
         0/0:1 
         "0/0"

O que estou fazendo incorretamente ao implementar lapply? Ele não deveria simplesmente aplicar a função remove_semicolon a cada elemento de lixo da mesma forma que sapply faz para cada elemento de um vetor de coluna?

1 respostas

  1. Best Answer

    Usar apply(., MARGIN = 1:2, .)parece funcionar:

    rubbish[] <- apply(rubbish, 1:2, remove_semicolon)

     NS05 NS113 NS137
1  0/0   0/0   0/0
2  0/0   0/0   0/0
3  0/0   0/0   0/0
4  1/1   1/1   1/1
5  0/0   0/0   0/0

    Se você olhar para a saída de lapply(rubbish, remove_semicolon)(antes de atribuí-la de volta ao quadro de dados), verá que cada elemento da saída é um vetor de comprimento 1 (que então é replicado para preencher a coluna). Isso acontece porque remove_semicolonnão é vetorizado.

    Isso funcionaria com lapply():

    rs2 <- function(x) {
   newstr <- strsplit(x, ":")
   return(sapply(newstr, head, 1))
}
lapply(rubbish, rs2)

    Outra alternativa seria usar gsub()(ou stringr::str_extract) com uma expressão regular, por exemplo

    rs3 <- function(x) gsub("^([^:]+):.*$", "\\1", x)

    (é verdade que parece um pouco com mágica)

    exemplo

    rubbish <- read.table(header = TRUE, text = "
             NS05                   NS113                   NS137
              0/0:1                  0/0:15                  0/0:25
              0/0:1                  0/0:15                  0/0:25
              0/0:1                  0/0:16                  0/0:25
 1/1:0,1:1:3:39,3,0 1/1:0,16:16:48:621,48,0 1/1:0,26:26:78:969,78,0
              0/0:1                  0/0:16                  0/0:29
")
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